normal Martinize2 error - Building system for 100 chains

  • kesavan
  • kesavan's Avatar Topic Author
  • Offline
  • Fresh Boarder
More
10 months 2 weeks ago #9660 by kesavan
Hi Everyone,

I am trying to coarse-grain a protein with 100 chains using martinize2 but got an error during the grompp minimization step stating
Fatal error:
An input file contains a line longer than 4095 characters, while the buffer
passed to fgets2 has size 4095. The line starts with: '; CCCCCCCSSSCSSCSCSS'

the martinize2 has built all the 100 chains in a single file rather than separate files. I tried with -sep also it still dint build the files separately.

Could anyone help me out with this error?

Thank you

with regards
Srinivasan

Please Log in or Create an account to join the conversation.

More
10 months 2 weeks ago #9661 by fgrunewald
Replied by fgrunewald on topic Martinize2 error - Building system for 100 chains
Hi Srinivasan,

The issue is likely the comment line at the top of the itp file. If you delete that line it should work. If you are using an elastic network or your molecules are connected in any other way you will always get a single itp file.

If this issue persists, could you please raise an Issue on GitHub github.com/marrink-lab/vermouth-martinize/issues and provide the martinize2 version, the molecule(s) (i.e. PDB files) you are trying to martinize2, as well as, the exact command.

Cheers,
Fabian

Please Log in or Create an account to join the conversation.

  • kesavan
  • kesavan's Avatar Topic Author
  • Offline
  • Fresh Boarder
More
10 months 2 weeks ago #9662 by kesavan
Hi Fabian,
Thank you for your reply. I don't see any commented line in the itp file. It looks like this ;

This file was generated using the following command:
; /home/srinivasan/.local/bin/martinize2 -f output_unwrapped_ter.pdb -o single-ubq.top -x 1UBQ-CG.pdb -dssp /usr/bin/dssp -p backbone -ff martini3001 -sep
; martinize with vermouth 0.9.1
; The following sequence of secondary structure
; was used for the full system:
; CCCCCCCSSSCSSCSCSSSCCCSSCSSCCSCCCCCSSSSCCCCSCCCCCCCCSSCCCCSCCCCSSTTCCCCCSSCCCCCCCCCCCSCCSCSSSSSSCCCCCSSCCCCCCCSSCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSCCSCCSSSSSSSCSCCSSSCCCCCCSSCSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSCSSCCCCCSSCSCCCCCCSCSSSCCCCCCCCSCCCSSCCSSCCCCCCCSCCSCCCSCCCSCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCCSSCCSSCCCCCCSSCCCCCCCSSCCCCSSSCCSSSCSSCCCCSCSSSCCCCCCCCCSSSCCCSCSSSSSCSSSCSSSCCCCCCCCCCCCCSSSSCCSCCCSSCCCCCCCCSCCCCCSSSSCSSCCCSCCCCCCCSSSCCSCCCSSSCSSCSSSSSSCSCCCCSCCCCSSCSSCCCCTTSSCCCCCCCCCCCCSHHHHSCCCSSCCCCCCSCCCSCCCCCSCCSCCCSSSCCCCSSSSSCCCCCCSCSSSTTSSSCCCCSSCCCCCCSCCCCCCCCCSCSSSCCSSCSSCCSSSCCSSSCSSSCCCCCCCCCSSSCCSCCCCCCCCCSCCSSSCCSSSSCSCCSCCSCSSCCSCSSTTCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCCCCCSSCSCSSCCCCCCSSSSCSCCCCCCSCCCCCSSCSSSSCCCCCCCSSSSSCCSSSSSTTCCCCCSSSCCSCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCSSSSSCCSSSSSCCSCCCSCCCSSCCCCSCCCCCCCSCCCSSCCCCCSCCCCCSSCCCCCSSSCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSTTTCCCCSCSTTCSSSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSSCCTTTTTTCCCCCSSCCCCCCSSCCCSCCSSSSCCCCSCCSSCCCCCSSCCSSSSCSCCSCSSSCCCSCCCCSCCCCCCCSSSSCSSCSCCSCSSCCSSSSSSSSCSSCCSSCCCCCTTSSSCCSCCCCSCCCCSCSSSSCCCCCCCCCSCCCSSSSSSCSSCSSSCSSCCCCCSSSCCCCSCCCSSSBCSSSSCBCCCCSCCCSCCSCCCCSSTTCCCCCCCCCSSCSSSSCCCCCSSCSSCCCSSCCCCCCCSSCCCCCSSCCCCCCSCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCSCSSSCCCSCSCCCCCCCSCCSSCCSSCSCCCCSCCCSSCCCCCSSTTCCCCSCCCCTTCSSCCCCSCCCCCCCSSCCSSSSCCCSCCCCCCCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCSSSSCCCCCSSSSCCCCCSTTTCCSSSSSCCCSSCSSSSSSSCCSSSCCCCCCCSSCCCCSSSSSCCCCSCCCCSCCCCCSSSSCCCCCCCCCCSSCSCSSCSSCCCSSCCCCCCSCSCSCSSCCCCSSSCTTTTCSCCSSSSSCCSSSCCCCSCCCSSSCCCCCCSSCCCCCSSSSSCCCSCCCCCCCCCCCSCSSSSSCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCSSSSSCCSSCSSSSSCCCCCCCSSSSSCSSCCCTTCCCCCSSSCCCSCCCCCSSCSCCCSSSCCSSCSSTTSCCSCCCCCSCCSSSCSSCCCSSCCCSCSCSBTTBCCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCSCSCCSSCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCCSSTTTTCCCCSCCSSSCCSSCSCSCCCCCCCTTSCCCCCCCSSCCCSSSSSCCCSCSCSCCTTCCSSCCCCSSCSCCSCCSSSSCSCCSCCCCCCSCSSCCCCCSCCCSSCCCCCCCCCCSSSSSSCCCCSCCCSSCCCCSCCCSSCCSSCCSCCCCCCCCCSSCSSCCCSCCCCCCSCCCCSSCSSSCSSCCCCCCCCCCSCCCSSSCCSSSCCCCSCSSCCCCSSSCCCSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCSCCSCCSCSSCSCCCSCCSCCSSSCCCSSCSSSCCCCCCCTTCCSCCSSCCCSCCCSSCSCCCSSSCSCCCCCCSSCCCCTTTTSSCCSSCSSCCCCCCSCCCCCSSCCCCCCSCSSCSCCCCSCSSSSCCCTTCSCCCCCSSCCCCSSSCCSSSCCCCSSCSSCCCSSCCSCCSCCCCCSSSCCCCSCCSSTTCCCCSCCCCSSSCSSCCCCSSCSSSTTCSSSCCCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCSSSCSSSSSTTCSCSCCSSSCCCSCCCCCCCCCCCTTCCCCSSCCCSCCSSCCSSSSCSCCSSCCSSCSSCCSCCCCCSTTSCCCSSCSSCCCSSCCCCTTSCSSCCCCSSSCSSTTCCCCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCCCCCCSCCSSSSCCSCCCCCCCCCSCCCCSCCCSSCSCCSCSCCSSSSSSCCSSCCCCCSCSCSSCCSSSCCSCSSSCSSSSCCCSSCCCTGGGCSCCCCSSSSCCCCCCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCSSSCSSSSCCCCSSCCCCCCSCCCCCCSSCCCSCCCCCCSCCCCSCCCCCCCCSSSSSSCSCSSSCCSSSCCCCCCSSCCSSSSCCCCSCCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCSSCCCCSSCCSSCSSCCSCSCSCCCCCSSSSSCCCCSSCCSSCCCCSSSSSCCSSCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSSCSSCCCCCSSSCCCCCCSSCCCSTTCCCCCSSCCSCCCCSSSSTTCCCCCCCCSCCCSSCCCCCCCCCSCCCSSSSCSCCSSCCCCCCCCSCCCSCSSCSCCCCCSCCCCCCSSCCCCCSSCCCCSCCCCCCCCCTTCCCCCSCCSCCSCCCSSCCCSSSSSCCCSCCCSCCSCSCCCSSSSSCCCCCCSCCCSCCTTCCSSCSSSCCSCCCSCSSCTTCCCCCSSSCCCCCCCSSCSSCSSSCSSSSCCSSSCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCSCSCCSSCCCCSCSCSCCCSSSSCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCSSSSCCSCCCCCSSCSCSSCCCCSCCCCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCCSSSSSCSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSSCSSCSCCCSSCCCCCCCSSCCSSCCCSSCCSCCCCCCSSSSSCCCSCCCCCCSSSCCCCCCCSTTCCSSCCSSCCSCCCCSCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCCCSCCCCCCCSTTTTSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSCCCSSSCCCCSSTTCCCCCCSSSCCCSCCCCCCCSSSCCCCSCCCCCCCSSCCCCSSSCCCCCSSCCSSCCSSCCCCCCCCCSSCCSSSSCSSCCSSSSCCSCCCCSSSCSCCCSSSCCCSSCSSCCCSSCCCSCSSSCCCCCCCSSSSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSCSCCCCCSSCCCCSSSSCCCSSCCCSSSCCCSSTTTTCCCSSSSSCCCCCCSCCCSSSSCCCCCCCCCCCSCSSSSCCCSSCCCSSCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSSCCCCCCSCSCCCCCCCCCSSCSSSCSCSSCSSCCCCSSCCSCCCCCCCCSSTTTTCSSSCCSSCCSSSCCSCCCCSSCCSSSCTTSCSCCCCCSCCSSSSCCCCSCCSSCCCTTCCCCCSCCSSCCCCCSSSCCCCSCSSCSSSSCSSSCCCCSSSSCCSSSSCCCCCCSSCCCSSCSSCSCCSCCCSSCCCSCCSCSSCCCSSTTSSCCSSCSSCCCSSGGGCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSCCCCCCSCSCSCCCCCSSCCSCCCCCSSSSSCCCCCSSCCCCCCSSCCCCCCCSCCCCCCCCSSSSCCCCCSSCCSCCCCSSCSSCCSSSCCCCCSCCCCCCCCCCSSSCCSCSSSSCSSCCCCCCCCSSSSCSCCSCSSSSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCSCCCCSSCCCCCCSCSSCCSSSCCCCCCCCCCCSCCCCSCCSCCCCSSCSSCCCSSCCTTSCSSCCCCSCCCCCCCSSCCCCCCCSSSSCCCCSSCCSSCCSCCCCSCSCSSSCSSSSCCCCCSCCCSCCCCSCSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCSSTTTCCSCCCCCCSSCSCCCSSCCCCCSSTTCCCSSCCCSSCCCCCSSSCCSSSCCCCCSSCSSCCCSSSTTSCSSSCCCCCCCCCSSCCCCSTTSCCCCCCCCCCCCSCCCCSSCCCCSSCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSCCSSSSSSCCCCSCSSCCCCCCCSSCCTTSSCCSCCSSSCCCCCCSSSCSSCCSSSCSTTSSSSSCCCSSTTCCCCSSCCSSCCSCCSCSSSCCCCCSCCCCCCCCCSSCCCCSCSCCSSSCCCCCCCCCSCSCCSSCCCSSCCCCCCSSCSSCCCCTTCCSCCCSSCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCCSSSSSCSCCCCSCSSSSCCSCSSCBTTBCCSSCCCCSCCSCCSSCCSCCCCCCCSCCSSSCCCCCCSSSSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCSCCCCSSCCCCCCCCCSCCSSSCSCCCCCCTTTCCCCCSCSSSSSSCCCTTSCCCSSCCSTTCSSCCCSSCCCCCCCCSSSCSCCSTTSCCCSCCCCCCCCCCSSCCCSSCTTTSSSSSSSCCCCCCSSCCCCSSCCSSCCCCCSSSCCCCCCSCCCCCCCCCSCSCCCCSSSSCSCSSCCSSCCSCCCCCCCCCSSSSSCSSSSSCCCSSCSCCSSCCCCSSSCCCSCCCCTTTSCSSSSCCSCCSSCCSSSSCSSCSSSCCCCCCSSSCCSSSSCSSSCCSCSSCCCSSSCSSSCCCSCCCSCCSCSSSCCCSSCCCCSSCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCCSSSSSSCCCSSSCSCCCCSSSCSSSSSCSSCSCCSCCCCCCCSCSCCSCCCCSSSSCCCCCCCCCSSCCCTTSCCCCCSCCCCCSCCCSSCSSCCCCSSCSSCCCSSCSSCCSSSSCCSSSSCCSSCCCSSSSSSSCCCSCCCSCCSSSSCCCCCCCCSSSCCCSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCCTTCSSCCCCCSCCCCCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCCCCSCCCCCCSSSTTTCSSCCSSCCSCCCSCSSCSSSCSCCSCCCCCSCCCSSSCSSSSCSSCSSSCCSCSCSSSCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCSSCCSSSSCCCSCCCCCCCCTTSSCCCSSSSSSSCCCCTTCCSCSSSCCCCSCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCSSCCCSSCCSCCCCSCSSSSCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCTTSCCCCCCCCCSSCCSCSSTTTSSSCCSSSSCSSCSSSCSSCCCCCCSCCCCSSSCCCCSCSCCCCSSSTTCCCSCCSSSCSSCCSCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCCSSSCCCSSSCCCCSSCCSCCSCCCCCCCCCCCSCCCSSCSSCSSSCCCCCCSSCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSSSSSSSCCSCSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCCSSGGGCSCCCCSSSCSCCCCSSSCCSCSSSCCSSCSSSCCCCCCCCCCTTCCCSCCCCCCCCCCCCCCSSTTSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSCCSCCCSSCCCSCCCCCSSCCCSSCCCSCCCCSCSSCCSCCCSSSSCSCCCCCCCCCSSCCSCCCSCSSSCCCCSSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCSSSSSCCSSCCCCCCCCCCCSSSSSCCSSCCCCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCSSSCCCSSCCCCCCSSCCCCCSSCCCCTTTSCCCSSSCCSSSBTTBCCSSSCCSCCSSCCCCSSCCSSSCCSSCCCCCCCCSSCSSCCCCSSCSSCCSSSCCSCCCCCCCCSCCCTTCSCCCCCSCCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCCSSSCCCSSCCCSCCCCSSSCSCCCCCCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCSSSSCCCCSCCCCCCCCSSSCCCCSSSSCSCCCCCCSSSSSSCCCCSSSSSSCCCSSCCCSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSSSCCCCCCSSCCCCCBSSSSCCCCSSSSSSCCSCCSSCCCCCCSCCSSTTCCCCCCSCSTTCCSSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCSSCCCCCCSSCSSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCSSCSSCCCCSSSCCSSSSSSCCSSSSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCSCCSTTCCCCCCSSSCCCCSCCSCCCCCCSSSTTCCCCSCCCCCCCSSCCCCCCCSCCCCCSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCSCSSCSCCTTSSSCCSSSCCCSSCSSSSSCCCCSSCCSCCCCSSCCCSSCSSCCSCCSCCCCSSCCCCCSSSSCCTTCSCCCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCSCCSCCCSSSCCSCSSCSCSSSSTTCSSCCSCCCCCSCCCCSCCCCCSSCSCCCSSSSSCCCCCSCSSCCSSCSSCCSSCCSSSCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSCSCCCCCCCCCSSCCCTTCCSCSSCCCCCSCCCCCCCCCCSSCSSCSSCSCCSSCCCCSCCCCSCSSSCCCTTCCCCCCCCCCSSCCCCSCSCCCCCSSSCCCSSSCCSSSCSSCCCSCSSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCSCSSCCSSCCCSSSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSCSSSTTTCCCCSCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCSCCSCCCCCSCCCSCSSCCSCCSSCCSCCSCCCCSCCSSCSCCCSSCCSCSSSCCCCSSSSCSSCSSSSCSSCSSSCSCSSCCCCCCCSSSSSCSSSCCCCCCCCCCSCSCSSCCSSSCCCSSCCCSSCSCSSSCCCCCSSSCCSSSSSCCSSCCSCCCCTTCSCSSCSSCSSCCSSSTTSCCCCCCCCCCSSCSSCCCSCCCTTSCSSCSSSSSSSCCCSSCCSSCCCCCSSCSSSSSCCCCCCCCSCCCCCCTTSCSSSSCSSCSSSSCSSSCCCSSCCCCSCCCSSCSSCCCSSCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSCCSSCCSSTTCSCCTTTTSCCCCSCCCCSSSTTCCCCCSSSCCSCSCCCSSCCSSCCTTCCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSCSCCCCCCCCSSCCCCCSCCCCCBCSSSCCSCSCCCSCCCCSCSSCCCSSCCCCCCSCCCSSCSSSCCCSSCSSSSCCCCCCCSSSSCCCSSSSSCSSCSSSSCCCCCCSCSCCCCSSCBSSSSCCCCCSSSCCSSSCSSSSCCCCCSSSCCCTTSSCSSSCCCSSSCCCCSCCCCCCCSSSCCCSSCCCCSCCCSSCSSCTTSCCCSCCCCSSSSCCCCSSCSSSSCCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSCCCSSCCCCCCCCCSSSCCCCSCCSCCSCCCSCCSSCSCCCSCCCCSCSCCCCSSCCSCCSSSCCSSCCCCCCSCCCCSSCSSCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCCCCCSSSCSCCSSCSSSCCSCSSSCSSSCCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCCSSCCSTTTSCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSSCCSSSSSCSSSCCCCSCCCCSTTTCCCSCCCCCCSSCCCSCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSCSSCCSSSCSCCCCSSSSSCCCSSSSCCSCCCCSSSCCSSSSCCCCSSTTCCSCCCCCCCCCSSSCCCTTSSSCSCCCCSSCCSSCSCSCCSSCCCCCCSSSSCSTTSCSSSSSCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSSCSCCCSSCSSCCSSSSCCCCCCSCCCSSSCCCCCCSSSCSSCCCSSCSSCSSCCCCCSCCSCCCSCCCCSSSCCCSSCCCCCSSCCCSSSSCCCCCCCCCCCSCCSSCSCCSCCCSSCCSSSCCCCSCCCCSSSSSSCSCCSSSCCCCSSCSSCCSCSCCCCCCCSCCSCCCCCCCCCCCSSSSCCSSSSSSSSSCCSCCSCCCCSCCSCCCSSSSSSCCSCCSSSCCCSCCCCSSSCCSSCSSSCCCCCCCSCSSCCSCSSCCCCSSCCSSCSCSSCSSSCCSSSSSSCCSSSSSCCCSSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCSSCCCCSSSCSSCCSCSSSCCSCSCCCSSSCCCCSSTTSCCCCCCSSSCCSSCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSCTTSSCSSCSSSSCCCCCCCCSCSCSSCCCSCCCSCCSSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSCCCCCCCCCCCCSSSCCSSCCSSCCSSCCCSCCCSCSSCCCCCCCCCCCCCCSCSSSSCCCCCSCCCCCSSCCCSCSCSSCSSCCCCCCCSCCCCCCCCSSSCCCSCSCCSSSCSCCCCCCSSSCCCCCSSCCTTSCCCCSSCSCCCSSSCSCCCCSCCSCCSSSCCCSSCSCSCSCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSCSSCCSSCCCCSSCCCSSSCCCSCCSSSSCCSSCSSCSSCCCCCCCCSCSSCCCCCCCCSCCSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSSSCCCCCSCCTTSSSCSSCSSSCCCCCSSCSCSCCCCSSCSSCCSSCSSCCCCCCCSSCSCCCCCCCCCCCCSCCCCSTTSCSCSCCCCCCCSCSSSCCCCCCCCSCCCSCCSCCSSSSCSCCCCCCSSCCCCCSSCCSCSSSCCSSCSCCCCCSCCCCCCCSSTTCCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSSSCCSSCCCCCSSCCCCCCSSSCCCSSTTSSSSCCCCCTTCCCSTTCCCCSSCSSCCSCCSSSSSCCSSCSSSSSSSCCCSSSSSCSSCCCCCSCCCSCSSCSSTTCSSSCCCCCCCCCSSSSSCSSCCCCSCCCSCCSSCCCCSCSCCCCCCCCCSCCCSSCCSCSCSSSCCSCCCCSCCCCCSSSCCCCCSSCCCCCSCCCCCSSSSCSSCCCCCCCCCCCCCCSCCCCSSSCSSCCCCCSCCCSSCTTCCCCCCSSCCCCCCSCSSSSSCSSSSCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCSCCCCCCSSCCCCCCCCSSSCCCSSSCCCCSSSCCSSSCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCSSCCBSSCCCCTTSSSCCCCCCSCCCCSSSSCCCSSCSCCSSCCCCSCCSSSSSSCCCCSCCCCCCCSCCCCCCSCCCCCCSSSCSCCSTTCCCCCCSSCSSSSCCCCCCSSCSCCSSSCCCSCCCCCCSSCSSSCSSCCSSSCCTTSCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSSCCSSSCCSSSCCCCCSSSCCCCCSSCSSCSCCCCSSSCSSCCCCSCSSCCCCCSSCSSSCSSSSCCCCCCCSCCSSSCCSCCCCCCCCSSCCSCCCCSSCCCCCSSCCCCCCCSCCSCCCSSSCSSSCCCCSSCCCSSCCSSSSCSSSCCCCCCSSSSCCCCCSCCCSSSCCSSCCCSCSCSSCCCCSSSCCCCCCCCCSCCSSCSCSSSCCCTTSSSSSSCCCSSSSSSCCCCSCCCCSCSSCCCSSSCSSCCCCCCCCCSCSCCCCCCSSCCCCCSCCCSSSCCCSSSCSSCCSCSCCCCCCCSSCCCCCSSSSTTCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCSSCSSCCCCSCCCCCSSSSSCCCSCSSSTTTCCCCCCSSSSSCCCCSSCCCSCCCCCCCSCCCCCSCSSSSCSSSCCCCCSSCCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCSCCCCCSCSSCCSTTCSCCSSTTTCTTCCCCSSCSCSSCTTSCCCCCCCCSSCCCCSCCCCCSSCCCSSCCCCSSCSSSSCTTTTCCSCSCSCCSSCCCSSSCCCCCCCSCSSSSCCCCCSSSSCCCCCSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCSSCSCCSCCCSCCCCCCCCCCSSSCSCSSSCSCCCSTTCCSCCSCCSCCSSCSSCCSSSSSTTCCCSSSCSSSSCSSSSCSSSSCCCCCSCCSCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCSSCCSCSSSCCCCCCSSSSCCCSSSSCSCCCCSSCCSSTTCSSSCCCSCCCSSCCCSSCCCCCCCCCCCSCCSSCCCCSCCCSSSSCCSCCCCCCCCCCSSSSCCSTTCSSCSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCSCSSCSCCSSCCSCCCCSSSSCCSCCSSCCCCCSSSSCCSSSSSSSCCSSSSSCSSCSCCCSSCCCCCSCSSSSSSSSSCSCCSSCCSSCCSSSCCSCCCCCCSCSSCCCCCSSCCCCSSSSSSSCCCSSCCCCCSSCSCCSCSCSSCSCCCCCSSSSCSCCSSSSCSSCSSCCCCSSCSSCSSCCSCCCCCCSSCCCCSSCCCSSCCSSCSCCCTTSSSSCCCCSSSSCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCSSCCSSCTTCSSSSSCSSTTSSCCCCSCCCCSSSCCSSCSCCSCSCCCSCSSSCCCCCSCCCCCSSCCCCSCCCSSTTCCCCSSCCCCCCCBTTBCSSSCCCCSCCCCCCCSSSSCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSCCCSCCCCCCCSCCCSCSSSCCCCSCCSSCCCSCCSCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCCSCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCCCSCCSSCCCCCCCSSSSSCCCCSCCCCCTTCSSCCSSSSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSCCCCCSSSCSCCCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCSCCCSSCSSCCCCCCSCCCCCCSCCCCCCCCCCSSCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCSSCSSSCCCCCCCSCCSCCSCSCSCCCSSSCCCCCSCCCSCCTTSCCSCCCCCCSCCSSSCCCCCCCCSSCSSCCCCCSSCSCCSCCCCCCCCCCCSSSCSSSSCCSCCCCCCSCSSSSSCSSCCCSSCCSCCCCSCCSSTTSSCSCSCCCSSSCTTCCCSSCSSCCCCSCCCSSCCCSSSCSSSCSSCCCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSCCCSCCCCCCCSCCSCCCCCCSSCSCSSSSSCCCSCCSCCSSCSCSCSSCCCCSCCSTTSSSCCCCCCCCCSCCCCCCSCCSCCCCCCSCCCCCTTCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCSCTTCCCCSCSSSSSSSSCSSCSCCSSCCCCCCCCSSCSSCCCCSCCCCCCSSSCCCCSSSSSSSSCCCCCCCSSCCSCCCCSCCCCSSSSSSCSSCSCCCCCCSSSCCCCCCSSCCCCSSCCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCSSSCCSCSCCCCCSSCSSCSCCSSSCSCCCCCCSCSSCCCCCSCCCCCSSSSSCCSCCCSSSSSSSCCCSCCSSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSCCCCCSCSSSCCCCCCCCCSCCSSGGGCTTCCCCCCCCSCCSSCSSCSSCCCCCCCCCCCSCCCCSSSSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCSCCCCCCCCCCSCCSCCCCCCCSCSSSSCCCSSSCCCSCSSSCCSSSSSSCCCSSCSCSSCCCCSSCSSCCCCCCCSCSSCCSCTTCCSCSCSSSCCSSCCCCCCCCCCSCCSCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCCCCCCCTTCCCCSSSSSCCSSSCCCCSSSCSSSCSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCCSCCSCSSCSCCCSCCSSCSCSTTSCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSCCCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSCCCCCCSCCCCSCCSSSCSCSSCCCCCSSSCCSCCSCCSSSCCCCCSCSCCCSCCCCSSCCSSSCSSCCCCCCCSSSCCCCCSSCCCCCCCSCCCSSSCCCCCCCCCSSSCSSCSCSSCCSSSSSSSCCCCCCCCCSSCSSSCSCCSSSCSCCCCCSSSSCCSSCCSCSSSSSSSCSCCCSSSSCCSCSCCCCCCCCCSSSSCSSSCSSCCSCCCCCSCCSCSSCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCSCCCSSCCSSCSSSSCCSCCSCCCCCCCCCCSSCCSTTCCCTTSCCCSSCSSSCCCSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCCSCCSSSSSSCCCSCCCSSCSSCCSCCSSSSSCCCCSCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSCCCSSCSCCCCCCCCCSCCCSSSCSCCCCCCCSSCCCSSCCCSCCCCCCSSSCCCCCCCCCSSTTSCSCCCSSCCCSCCCTTTTTSCCCCCSSCCSCCSCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCSCCSSSCCCCSSCCCCSCCCCCCCCSSSCCSSCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSCSCSCCCCSCSCCCCCSCCCSSCSSCCSSSCCSCCCSSCSSCCCSSSSCCCCCCSSSSSCSSCCSSCCCCCSCCCCSSCCCSCCCCCCCSCCSSCCCCCCCCCCCCSSCSSCSCCSCCCCCCCCSTTTTSSCCCCCSSCCCSCCCCCSCCGGGCSSCCCCCSSCCCCTTCSCSSSCSSSCSSCCSSCCCSSCCCCCCCSSSSSCSSCCCCSCSSCCCSSSCCCCCSCCSSSSCSCCSCCCCCCCCCSSSCCCSCCSCCCCSSSCCCCCSSSCCSSSCCCSCSSSCSCCSSCSSCSSSSCCCSTTCSCSSCCCCSSSCSSSCCCCCSSSCCSCCCCCCSCCCCSSCCSSCCSSSCCCSSSCCSCSSCCCCCCCCCCSCCSCCCCSSCSSCCCCCCTTCSSSSCCSSSSSSCCCCCSSCSCCCSCCCCSSSTTCSCSSCCCSSCSCCCSSCCCCSCSSCSSCCCCCCCCCCSSSCCCCSSCCCSCCCSCCSCCSCCSSCCSCCCCCCCCCSCCCCCCCCSCCCCCCCSCCCSCCCCSSCSSCCCCCCCSSCCSCCSCCCCCCSTTTCSTTCCSSSCSCCSSSCSCCCSCSSCCSSCSCCCCSSCCCSCSCSSCSSCCSCCCSCCSSSSCSCCCCSSCCCCCSSCSSCSSSSCCSSCCCCCCCCCCCTTTCCCSSCCSSCSSCCSCCCCCSSSCCSCCSSCCCCCSSSCCCSCSCSCCCCTTCSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSCSCCCCCCCSCCCCCCCSSSCCSSSCSSCSSSCSCSSSCCSCCCSSCCCCSCCCCCCCCCSCCSSSCCTTSSSCCCSSCCCCSSCCCCCCCSSCCCCSSCCSCSSCSSSCCCSSCSSSSCCCSCCCSCCCCCCCCCCCCCSCSCSCSSCSSSCCCSSSSTTSCSCCCCSSCCCCCCCCCCSSSCCSSCCCCSCCCCCCCCCSSSSSCSSSSCCCSSCCCCCSSSSCCSCCCCCCCCCSSSSCCCSSCCCCCSCCCSSCCCCCCCCSSCSSSCSCCCCCCCCCCCSCCSCCSSSSCCCCSCCSCSSSCCSCCCCCCCCCSSSCCCCCCCSCCCCCCCCCCCSSSSCSCCCSSSSCSSSSSSCCCCCCCSCCCSCCCSSCSSCCSCCSSCSSCCCCCSSCCCCCCSSSCCSSCSSSSSCCCSSCSCCCCCSSCSCSSCCSSSCCCCSCSSCSSSCCCCCCCSSCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSSCCCCCCCSSSSSCCCCCSSCCSCCCSSCCCSSCCSCSSSSCCCSCCSSSSCCCCCCCSSSSCCCSCSCCCCSCCCCCCCCCCCCCSCCCCCCCCCCCCCSSCSSSCCSSCCCCCCCSCCCCSSSCCCCCCCCCCCCCCSSCSCSCCSCCSSSSSCCTTCCTTCCCSSCCCCCSSCSCCCCSCCSSSSCCCSSCCCCCCSSSCCCCCCSSCSSCSCCSSSCCSSSCSCCSSCSSCSSCCCCCCCCCCCSSCCCCCCSSSSSCCCSCSCCCCCC

; Pleas cite the following papers:
; Souza, P C T; Alessandri, R; Barnoud, J; Thallmair, S; Faustino, I; Grünewald, F; Patmanidis, I; Abdizadeh, H; Bruininks, B M H; Wassenaar, T A; Kroon, P C; Melcr, J; Nieto, V; Corradi, V; Khan, H M; Domański, J; Javanainen, M; Martinez-Seara, H; Reuter, N; Best, R B; Vattulainen, I; Monticelli, L; Periole, X; Tieleman, D P; de Vries, A H; Marrink, S J; Nature Methods 2021; 10.1038/s41592-021-01098-3

[ moleculetype ]
molecule_0 1

The molecules are not connected. I tried with the martini2 version and it worked correctly. But for martini3 it shows like this.

Please Log in or Create an account to join the conversation.

Time to create page: 0.138 seconds